Підлітки мутанти черепашки ніндзя

Шреддер і Кранг все ще перебувають на волі на Землі, хоча й позбавлені грізних ресурсів Технодрому. Вирішивши повернути собі владу, вони виношують план викрадення передового обладнання з давно покинутої Зали науки, що залишилося з часів Всесвітньої виставки 1964 року. На додачу до хаосу, колишній інженер-зброяр Кранга, Дракус, перевтілюється в Бесерко і приєднується до хаосу.

Поки ситуація розгортається, Дракусу вдається захопити Кранга, залишивши Шреддера в небезпечному становищі. Вважаючи, що Черепахи відповідальні за зникнення Кранга, Шреддер вимагає негайного повернення Кранга, погрожуючи знищити 6-й канал і завдати шкоди друзям Черепашок, які перебувають усередині, якщо його вимогу не буде виконано.