Наприкінці 10-го сезону "Секретних матеріалів" світ охопив невідомий смертельний вірус. Імунітет від таємничої хвороби, як виявилося, є тільки у Дани Скаллі, і тепер доля семи мільярдів землян перебуває в руках спецагентів. Заради порятунку людства, шоураннери проєкту ввели в сюжет нового персонажа. Однією з головних дійових осіб у новому сезоні стане син агентів Малдера (Девід Духовни) і Скаллі Вільям, який з'явився на світ у результаті штучного запліднення і названий на честь батька Малдера.
11-й сезон починається з боротьби зі смертельно небезпечним Спартанським вірусом, страшна епідемія якого охопила світ. Крім того, в нових серіях з'являться і всі головні дійові особи, включно з Курцем і директором ФБР Скінером у виконанні Мітча Піледжі.
За традицією всі події серіалу будуть вписані в реалії нашого світу, а на глядача чекають нові викриття урядових змов і діяльності інопланетних прибульців. Автори серіалу обіцяють також появу в сюжеті якихось "милих монстрів".
