Головні герої серіалу в другому сезоні змушені тимчасово розлучитися: Дана Скаллі (Джилліан Андерсон) отримує запрошення до Академії ФБР, де їй належить викладати у стажистів. Фокс (Девід Духовни) ж у цей час отримує нового напарника, з яким йому тепер доведеться займатися розслідуваннями - Алекса Крайчека (Ніколас Ліа).
Поверненню Скаллі до оперативної діяльності сприяла поява загадкового Двейна Баррі, який викрав п'ятьох людей - зокрема й саму Дану. Коли Малдер відшукує викрадача, той заявляє, що у всіх викраденнях винні інопланетяни. Сам же він після допиту помирає. Скаллі з'являється в лікарні через три місяці в несвідомому стані. Вона не може пригадати, що з нею сталося.
У процесі наступного розслідування Малдер і Скаллі стикаються з хакером, який викрав секретну інформацію про інопланетян. Він із готовністю віддає цифрову стрічку агентам. Щоб розшифрувати її, Дана і Фокс вирушають у Нью-Мексико, де Малдер знаходить останки інопланетян...
